https://forum.sidereus-ai.com/19550138051 en-us <p>太感谢昨天那位解答的客服同学了<img title=":rose:" alt="🌹" src="https://twemoji.ruby-china.com/2/svg/1f339.svg" class="twemoji"> 。很耐心的一步步回答我的疑惑。</p> <p>总结下使用下来的一些问题：</p> <ol> <li>mol2 格式的小分子必须用 openbabel 转一遍，不然很容易出错</li> <li>我 pdb 建模用的是 amber 的 tleap，导致把原本的链信息丢失了，所以后续很多问题都来自于 pdb 的结构问题，所以链的 ID 不能丢</li> <li>就是要注意参比小分子的关键字在复合物 pdb 和单独的 mol2 文件中一定要对应</li> </ol> <p><img src="https://homeland-peking.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/photo/19550138051/41694b93-de1c-4673-b499-0eac47975e56.png?x-oss-process=image%2Fresize%2Cw_1920" title="" alt=""></p> 19550138051 Fri, 05 Sep 2025 04:25:59 +0000 https://forum.sidereus-ai.com/topics/31 https://forum.sidereus-ai.com/topics/31