AutoDock-Vina 分子对接 - 使用 blind docking 快速查找作用区域/蛋白口袋

luorui — Thu, 09 Oct 2025 11:11:32 +0000

上传蛋白和配体的 pdb 文件

可以将模式数设置得大一点，比如 30.

查看结果

对接完毕之后，我们直接点击文件

把小眼睛👀全部打开（或者只打开前 10 个或前 20 个模式，越靠前得模式结合力越强）

此时会发现有一些聚集区域，这就是当前配体与蛋白的强作用区域

AutoDock-Vina 分子对接 KIT 使用经验

luorui — Wed, 08 Oct 2025 08:45:42 +0000

目前平台上的 Autodock-Vina 分子对接的 kit 分为 4 个版本，方便朋友们根据不同的应用场景使用 总的来说，vina 支持设置对接的“精细度”以及对接的“探测区域”，根据不同的设置，可以实现不同的功能。

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1. 准备阶段，文件处理！！（非常重要！）

目前最稳定的格式是pdb文件，配体小分子还可以用mol2文件。

（程序会将其转换为 Autodock-Vina 可用的 pdbqt，如果用自己准备的 pdbqt，有时会出现错误但没有报错信息的情况）

对于蛋白：在蛋白数据库下载的 pdb 可以直接用，alphafold3 等结构预测模型给出的 cif 文件，需要本平台的 openbable 转换为 pdb

对于配体小分子：最好是 mol2 或者 pdb 文件。sdf，SMILES 等格式需要本平台的 openbable 转换为 pdb

openbable 转换实例

AI 有时候会偷懒，我们需要监督一下

可以点击“文件”，然后点击小眼睛查看分子/蛋白结构，确认转换前后的结构没有问题

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“盲对接”，即我们不清楚蛋白的“口袋”在何处，或者说蛋白与配体的“作用区域”在何处。

此时，我们只需要输入蛋白的 pdb 文件，以及配体的 pdb/mol2 文件。程序将使用配体在蛋白的整个表面进行探测。（由于探测面积较大，默认设置了较为粗糙精度，以保证速度。） ————————————————————————————————————————————————————————

2. 重对接 redocking

适用于已经知道蛋白的“口袋”在何处，（由实验确定，或者由盲对接的初步结果确定。）

此时，需要输入蛋白的 pdb 文件，以及配体的 pdb/mol2 文件。另外，还需要对蛋白的“口袋”进行定义，近支持长方体盒子。需要定义盒子中心坐标，以及盒子的大小。

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3. 多配体对接 Multi-ligand docking

考量多个配体与蛋白的作用情况

兼具重对接和盲对接的功能（要实现盲对接，将探测盒子的中心坐标盒子大小均设置为 0 即可）

需要输入蛋白的 pdb 文件，以及配体们的 pdb/mol2 文件构成的 zip 文件。（将需要对接的分子都放在一个文件夹里压缩即可，文件名尽量仅用数字字母，避免特殊字符和中文）

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4. 批量对接 batch docking

需要对多个蛋白，多个配体进行两两对接，用于筛选分子或者蛋白靶点

与多配体对接类似，需要输入包含蛋白们的 pdb 的 zip 文件，以及配体们的 pdb/mol2 文件构成的 zip 文件

此模式将会额外输出一个热图

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特别提示：

KIT 中内置 MGLtool 进行文件格式转换，包括水，配体，离子的去除。直接用 RCSB 下载的 pdb 是可以的。但如果文件格式的报错，可以用平台的 openbabel 智能体下载和处理蛋白 PDB 文件** 例如：

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结果查看

对接运行完之后会有 vina 的运行报告，如下

正常的情况下我们只需要关注最后

每一个对接模式的评分在此处给出（即 affinity 列）

同时，我们可以在“文件”可视化对接模式，分析蛋白 - 配体的的结合作用。 1 点击“文”件，然后点击关注的结合模式后方的“👀小眼睛”） 2 随后点击配体，即可显示与配体作用的蛋白质残基

有更多需求和建议欢迎在这里指出~开发人员会开足马力优化大家的体验

luorui (花开富贵)

AutoDock-Vina 分子对接 - 使用 blind docking 快速查找作用区域/蛋白口袋

使用 AutoDock Vina 盲对接 (blind-docking) 智能体

查看结果

AutoDock-Vina 分子对接 KIT 使用经验

1. 准备阶段，文件处理！！（非常重要！）

openbable 转换实例

1. 盲对接 blind-docking

2. 重对接 redocking

3. 多配体对接 Multi-ligand docking

4. 批量对接 batch docking

特别提示：

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