太感谢昨天那位解答的客服同学了 。很耐心的一步步回答我的疑惑。

总结下使用下来的一些问题：

1. mol2 格式的小分子必须用 openbabel 转一遍，不然很容易出错
2. 我 pdb 建模用的是 amber 的 tleap，导致把原本的链信息丢失了，所以后续很多问题都来自于 pdb 的结构问题，所以链的 ID 不能丢
3. 就是要注意参比小分子的关键字在复合物 pdb 和单独的 mol2 文件中一定要对应