• 您好,想请教一下,已经有 mol2 文件,如何用 adam 加水盒子?试了一下,出现了报错,想问一下如何解决。

    很抱歉,在为小分子加水盒子建模的过程中出现了错误。错误的核心信息是 AttributeError: 'int' object has no attribute 'get_atom_coordinates',这表明在代码里尝试对一个整数对象调用 get_atom_coordinates 方法,然而整数对象并没有这个方法。

    可能的原因在于调用 Xponge.add_solvent_box 函数时,传入的参数类型不符合预期,导致出现了整数对象而非分子对象。

    解决方案如下:

    仔细检查 Xponge.add_solvent_box 函数的输入参数,保证传入的是正确的分子对象。 确认 mixed 和 WAT 变量在调用该函数之前已经正确初始化,并且它们是分子对象。 我将重新梳理参数,再次尝试进行建模。

  • 请问,如何使用 adam 给体系加水盒子?